Coronavirus et Mammifères : suite, et ce n’est pas la fin

La situation de l’humanité face au risque d’infection par des coronavirus est sans aucun doute plus risquée qu’envisagée jusqu’ici : de nombreux mammifères proches de nous, domestiques ou sauvages,  sont susceptibles d’héberger des coronavirus tout aussi porteurs de graves pathologies que le SARS-CoV-2, donc à terme de nous les transmettre, et ce avec des variants de dangerosité imprévisible par définition (1). 

Un vétérinaire a rejoint récemment le Conseil Scientifique covid 19 de notre pays mis en place pour éclairer les gouvernants dans la lutte contre la pandémie. Ce n’est pas un hasard : de nombreuses publications récentes font état de cas d’infections par ce type de virus chez des mammifères que nous côtoyons : cochons, chats, chauve-souris, visons, furets comme illustré ci-dessous dans un article récent publié dans Nature (1).

Attention danger : hôtes du SARS-CoV-2 (réf.1)

 

Et la liste a toute chance de s’allonger.

S’il ne fait aucun doute que les souches à l’origine du SARS-CoV-2 ont eu pour  premier hôte des chauve-souris appartenant au genre Rhinolophus, l’identité de l’intermédiaire qui nous l’ a transmis reste une question ouverte, et il y a de nombreux candidats, entre autres le pangolin : sur les marchés d’Asie et d’Afrique il est un gibier très apprécié des gastronomes. Et au travers de ses préparations culinaires on a soupçonné un temps qu’il avait été le vecteur fondateur de la pandémie qui s’est abattue sur l’humanité dès décembre 2019, avec pour épicentre le marché de la ville de Wuhan en Chine https://www.scilogs.fr/histoires-de-mammifères/lachauve-souris-le-pangolin-le-tigre-et-nous/

Mais depuis, cette théorie  a été battue en brèche, et d’aucuns suggèrent que le virus est présent en Chine de façon cryptique, dans tous les sens du terme, depuis plusieurs années : il se cache et il est caché par les autorités sanitaires du pays. On envisage aussi que la souche pathogène qui nous a frappés a pu « échapper » d’un laboratoire de recherche de ce pays, et  une équipe de chercheurs a réactivé récemment  l’hypothèse qualifiée au départ de complotiste qui envisage que la dispersion du virus ferait suite à une erreur du laboratoire  du centre de recherche de  Wuhan (2). 

La question a peu de chance de trouver une réponse, au moins dans l’immédiat : les gouvernants chinois considèrent que les données sanitaires de base sur le sujet sont un secret d’état, les tiennent sous le boisseau, et récusent toute enquête scientifique hors de leur contrôle et de son corollaire, la censure.  L’esprit de Mao, Staline et de leurs affidés,  de droite  comme de gauche,  règne encore qui cultive l’ignorance et la dissimulation  pour maintenir les peuples sous son joug.

Dans les débuts de la pandémie, la première infection constatée chez un animal sauvage le fut à New York. En avril 2020, un tigre du zoo du Bronx a été déclaré infecté. D’évidence l’agent qui lui a transmis le virus est un soigneur de l’établissement. Rappelons qu’à New York comme ailleurs, ni le port du masque, ni l’usage de gestes barrières n’étaient entrés alors dans les moeurs, encore moins dans un zoo. Ainsi c’est au travers du grillage, ou en lui servant sa nourriture par une trappe, que le gardien du zoo porteur du virus mais ignorant de son état a contaminé son pensionnaire, étant exclu qu’il l’ait approché de très près comme on peut le faire pour caresser un animal familier, chat, chien ou autre. https://nytimes.com2020/04/06/nyregion/bronx-zoo-tiger-coronavirus.html

Un an plus tard, les exemples d’infection à ce virus  chez des mammifères proches de l’homme se sont multipliés. L’Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE) en a fait l’inventaire. Elle répertorie 458 cas  avérés de contamination, principalement chez des animaux de zoo de quatre  continents, la plupart, si ce n’est la totalité, induites par la fréquentation d’humains contaminés. 

Les commentateurs considèrent que pour l’heure, dans la mesure où ces animaux proches de nous sont sous surveillance, on peut considérer que nous sommes à même de contrôler les épidémies dont ils pourraient être les vecteurs.  Après avoir procédé à des tests de dépistage, nous disposons en effet d’un arsenal de  techniques de prévention  qui a fait ses preuves : la quarantaine,  l’abattage sélectif et la vaccination. C’est ainsi qu’à titre expérimental, il vient d’être annoncé que les gorilles du zoo de San Diego, Californie, avaient bénéficié d’une injection préventive de vaccin anti Covid. Fut-ce une dose d’Astra Zeneca à 2.5 € la dose ou celle du produit Pfizer à 19 € n’est pas précisé.

Pour l’heure, tout en vaccinant massivement, il va s’agir de tester de façon systématique nos animaux les plus proches. Cela pourrait s’avérer une tâche difficile : confrontés au coton-tige, beaucoup feront grise mine.

Un chat dans un labo de le la Texas A&M University du Texas qui étudie lela pandémie de SARS-CoV-2 chez les animaux de compagnie. Photo Lisa Auckland. (réf. 1).

 

Bien que non mentionnés dans le bilan de l’OIE, ce sont les cochons qui seraient les plus susceptibles d’être les chevaux de Troie du coronavirus, et le vieux proverbe « chez le cochon tout est bon » devrait être jeté aux oubliettes de la culture populaire. 

Inventaire des contaminations SARS-CoV-2 par l’OIE. (réf.1).

 

Pour autant les élevages de porcs bénéficient en cas de pandémie d’une expérience récente. Au cours de la dernière décennie, et ce de façon récurrente, dans plusieurs pays, de nombreuses porcheries ont été infectées par un autre coronavirus, celui de la diarrhée porcine. A chaque fois ces épidémies ont pu être jugulées par les éleveurs qui ont su adopter et généraliser  des mesures strictes d’hygiène dans les élevages, et surtout au moment du transport du bétail vers les marchés et les abattoirs, aussi bien en Chine - 300 millions de têtes, la moitié de la production mondiale - que dans les autres pays à forte production, USA, Canada, Europe. 

Un autre éclairage nous vient d’une  étude récente qui concerne 132 espèces appartenant à 19 ordres de mammifère (3). Elle met en évidence  une caractéristique génétique commune aux humains et à certaines de ces espèces qui permet de prédire si elles sont plus ou moins susceptibles d’héberger et transmettre le SRAS-CoV-2. La présence dans le génome de récepteurs  de type ACE2  à des sites clés de liaison aux protéines S  chez les humains et ces mammifères suggère qu’ils sont plus ou moins aptes à accueillir et transmettre le virus. 

La première conclusion importante est que la transmission directe  chauve-souris à des humains est peu probable. Ce n’est qu’après avoir été hébergé chez un autre mammifère que le virus alors modifié a pu infecter notre espèce. 

Parmi les 19 ordres testés, outre les Primates (Hominidés et Cercopithécidés), le site clé ACE2 est présent chez 8 d’entre eux : Artiodactyles et Cétacés, Carnivores, Rongeurs, Lagomorphes, Périssodactyles, Proboscidiens et Siréniens. C’est chez les bovidés, les narvals et et les cachalots que la similarité est la plus élevée pour les sites ACE2. S’il nous  est facile de nous tenir éloignés des derniers cités, ce n’est pas le cas des bovidés qui ont de multiples occasions de nous approcher, jusqu’à  fréquenter nos assiettes, à l’exception du département du Rhône où cette viande est bannie des cantines scolaires. 

D’évidence il faut poursuivre ce type de recherche et étendre l’échantillon à l’ensemble des mammifères. 

Pour l’heure, on peut ajouter à ce cortège d’ espèces identifiées comme porteuses du virus et susceptibles de nous le transmettre : la civette des palmiers, le furet, le chat, le cochon, le hamster, la souris, et le «raton-laveur  de cet inventaire, en l’occurrence le pangolin. Espérons que l’interdiction récente de sa chasse et de sa consommation sauveront l’espèce de l’extinction ,  jusqu’à peu la plus pourchassée au monde.

Si aujourd’hui nous sommes confrontés à la pandémie due au SRAS-CoV-2, nul doute qu’il existe  bien d’autres coronavirus et autres germes  hébergés par nos amis les mammifères susceptibles d’engendrer un jour ou l’autre des pathologies de différents types chez les humains.  C’est la conséquence qu’on peut qualifier de logique et d’échelle globale de l’explosion démographique de notre espèce, accompagnée de celle des espèces qu’elle a domestiquées depuis 10 000 ans, date de l’apparition de l’agriculture. 

Cet événement planétaire a bouleversé les équilibres biologiques qui depuis la nuit des temps assistaient et régulaient la transformation et l’évolution des espèces dans les milieux naturels. Cette révolution a aussi élargi le « terrain de jeux » des virus de toutes origines et autres microbes   pour atteindre des dimensions inouïes :  dans la dernière décennie, la progression logarithmique est devenue la norme pour les populations qui abritent ces germes, et paradoxalement les batailles que nous  leur livrons avec les antibiotiques, dopent leur virulence.  Jusqu’à quand pourrons-nous faire barrage aux toxines  qu’ils nous transmettent ? 

L’image suivante illustre l’essor  de la biomasse  des vertébrés terrestres exprimée en millions de tonnes de notre espèce, des animaux domestiques, et des mammifères sauvages depuis l’invention de l’agriculture (3), et en pourcentage la part actuelle des uns et des autres (4).  

 

Progression de la biomasse des mammifères en poids depuis 10 000 ans et état actuel en pourcentage (d’après réf. 3 et 4)

 

Comment s’étonner dès lors de la multiplication des alertes sanitaires qui nous ont interpelés en différentes occasions depuis le début des années 2000 ? 

Hotes de coronavirus (ref. 6)

 

 

Alors bien sûr nous pouvons considérer qu’ il est possible de mettre en place des protocoles afin de surveiller l’état sanitaire des populations humaines et de nos animaux domestiques. C’est ainsi que récemment cette vigilance a porté ses fruits : deux ont été signalés chez des patients de Malaisie, des enfants !, et il est probable que se sont les chiens qui en sont les hôtes. Dans un autre cas, cette fois signalé en Haïti, ce sont des cochons qui ont infecté un groupe d’enfants (7). D’évidence, la fréquence de transmission entre espèces de coronavirus a été jusqu’ici sous-estimée.

Une conclusion s’impose qui concerne la part de budget que les états doivent consacrer à compter d’aujourd’hui et dans l’urgence à la recherche en biologie :  elle doit devenir prioritaire. Nous avons sans le savoir déclaré la guerre à la Nature. Il nous faut aujourd’hui rendre gorge et abandonner bien des options autrefois prioritaires devenues  autant d hypothèques, pour investir dans de nouveaux secteurs, l’écologie, la santé, l’éducation, afin de préserver  l’avenir de notre espèce sur une Planète Terre qu’il faut en urgence restaurer. 

La prochaine décennie sera décisive. Dans un monde dominée par une gérontocratie cupide cela veut dire que  l’avenir de nos enfants et petits-enfants est en jeu, et c’est nous parents, grands-parents et arrières-grands-parents qui devrions agir sans attendre.  

Ce n’est pas une incantation, c’est un projet de survie. 

Le dernier mot, je l’accorde bien volontiers  à l’oeil pointu de notre chère Coco qui est une invitation au dialogue avec une part trop longtemps méprisée de notre famille.

Une table ronde nécessaire signée Coco.

 

 

(1)Smiriti Mallapathy, 2021. The search for animal harbouring coronavirus - and why it matters. Nature 591, 26-28. https://www.nature.com/articles/d41586-021-00531-z

(2)  Jesse D. Blooet al .  2021: Investigate the origins of COVID-19. Science. Vol. 372, Issue 6543, pp. 694  DOI: 10.1126/science.abj0016

(3) Yulong Wei et al. 2021. Predicting mammalian species at risk of being infected by SARS-CoV-2 from an ACE2 perspective. Scientific Reports. volume 11, Article number: 1702 (2021)

https://www.nature.com/articles/s41598-020-80573-x

(4) https://www.greenpeace.org/international/story/17788/how-much-of-earths-biomass-is-affected-by-humans/

(5) https://www.livekindly.co/60-of-all-mammals-on-earth-are-livestock-says-new-study/

(6) Firas A. Rabi  et al. 2019. SARS CoV-2 and Coronavirus Disease What We Know So Far

Pathogens 2020, 9(3), 231; https://doi.org/10.3390/pathogens9030231

(7) Anthony King. 2021 Two more coronaviruses may infect people Science 372 (6545), 893.
DOI: 10.1126/science.372.6545.893

 

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