Prévoir la diffusion du Covid 19 chez les Mammifères

L’origine du virus SARS-CoV-2, agent de la pandémie dite Covid 19 qui affecte de nos jours l’ensemble des humains ne fait guère de doute : l’hôte initial était un autre Mammifère, probablement une chauve-souris. Mais depuis le début de la pandémie, la donne a changé : c’est notre espèce qui est devenue le principal réservoir du virus SARS-CoV-2 qui provoque les troubles que l’on sait jusqu’à entrainer la mort de ses victimes. Aussi aujourd’hui, la population humaine dans son ensemble est devenue un danger pour les 5400 autres espèces de Mammifères qui peuplent la planète. A tout instant, « notre » SARS-CoV-2 est susceptible d’infecter l’une d’elles, et déjà plusieurs cas d’animaux infectés par ce virus par des humains ont été signalés, en particuliers chez des élevages de vison au Danemark et aux Pays-Bas. 

La virulence et la capacité du SARS-CoV-2 à se diffuser dans les populations de Mammifères est due à son mode performant de pénétration dans les cellules de l’hôte visé : pour ce faire, il utilise un récepteur de surface de cellules largement répandu, le récepteur de l’enzyme de conversion dite angiotensine enzyme 2 (ACE2) présente chez tous les principaux groupes de Vertébrés. 

L’omniprésence de l’ACE2 et ses qualités ubiquistes associées à la prévalence élevée du SRAS-CoV-2 dans la population humaine à l’échelle du globe expliquent les multiples infections observés depuis l’émergence du SARS-CoV-2 en 2019 chez d’autres espèces de Mammifères, aussi bien sauvages que domestiques et aussi chez certaines pensionnaires de zoo.

Il est à craindre que dans un court laps de temps, toutes ces infections venues du genre humain et portées par ces nouveaux hôtes,  en retour deviennent des foyers de contamination susceptibles de nous infecter, et ce avec des qualités de résistance modifiées et plus dangereuses dans les effets sur notre espèce.

Cibler la lutte contre la propagation du SRAS-CoV-2 à partir des nouveaux réservoirs d’infection dus aux échanges entre humains et animaux, est donc devenu un impératif. Cela veut dire qu’il faut informer sur les risques de transmission en premier lieu les professionnels qui assurent la gestion de parcs animaliers et d’animaux d’élevage, vétérinaires, gardiens de zoo et éleveurs. 

Mais le problème achoppe sur notre connaissance insuffisante des séquences du récepteur ACE2  de nombreuses espèces de mammifères : sur 5400 espèces, seulement 326 sont déposées dans les banques de données.

Pour surmonter cet obstacle une équipe de chercheurs propose d’identifier  les espèces de mammifères avec une «capacité zoonotique» élevée, donc de contracter le SRAS-CoV-2 et de le transmettre à d’autres animaux (1). La méthode qu’ils ont mise au point pourrait aider à étendre la capacité prédictive des systèmes de traitement des maladies au-delà de la COVID-19.

Ils proposent de repérer les espèces les plus dangereuses à partir d’ une combinaison qui tient compte de leurs caractéristiques écologiques et biologiques, en particulier phylogénétiques,  et en y intégrant les données issues de HADDOCK (High Ambiguity Driven protein-protein Docking). Cet acronyme  correspond à une plateforme intégrative utilisée pour la modélisation des complexes bio moléculaires. Il prend en charge une grande variété de données et peut traiter des assemblages multi-composants de protéines, peptides, petites molécules et acides nucléiques, entre autres celles concernant le récepteur ACE2. 

Après calculs et modélisation, cette équipe vient de présenter ses premières suggestions en identifiant et recommandant la surveillance de 540  espèces appartenant à 13 ordres de Mammifères. La plupart des Primates sont considérés dans cette étude comme hautement (90%) susceptibles d’accueillir et de transmettre le virus, et ce n’est guère étonnant eu égard notre proximité phylogénétique. Par ailleurs, les hyrax, les tupayes, les chevaux et rhinocéros, les pangolins et paresseux, plusieurs artiodactyles, des carnivores et des rongeurs   présentent un risque sévère quoique moins élevé. Il faut souligner que les animaux les plus à risque sont ceux qui sont les plus proches de nous, animaux domestiques, gibiers et troupeaux,  et ceux qui occupent les paysages perturbés, friches industrielles et zones urbaines.  

Bien évidemment tous ces résultats sont disponibles en ligne associées à la publication. 

Le principal mérite de cette publication est d’attirer l’attention sur ce qui devrait être une évidence : la pandémie que nous connaissons ne concerne pas que l’espèce Homo sapiens. Le fait est qu’elle compte plus de 7 milliards d’individus. Ce qui implique qu’à terme toutes les autres espèces de Mammifères en seront victimes, et le risque que de nouveaux mutants apparaissent en leur sein, se multiplient et  se répandent et nous infectent en retour ne peut être ignoré.  

En conclusion j’évoquerai l’aspect « conservation » du problème. L’éco tourisme tel qu’il est pratiqué permet l’approche de nombreuses espèces à haut risque : gorilles, grizzlys, ours blancs entre  autres. Si ces espèces rares venaient à être touchées par le SARS-CoV-2, cela pourrait entrainer leur disparition.

(1) Ilya R. Fischhoff, Adrian A. Castellanos, João P. G. L. M. Rodrigues, Arvind Varsani, Barbara A. Han. Predicting the zoonotic capacity of mammals to transmit SARS-CoV-2. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2021; 288 (1963) DOI: 10.1098/rspb.2021.1651

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