Non, les protéines ne sont pas des « assemblages tridimensionnels d’acides aminés » !

Sur un site hélas officiel, alors que je cherche des informations sur la synthèse des acides aminés dans l'organisme, je trouve un document qui commence par "les protéines sont des assemblages tridimensionnels d'acides aminés". Et je m'insurge : cela est erroné ! fautif même !

 

Pour bien expliquer la chose, je propose de faire un détour par l'histoire de la chimie, cette science qui ne se confond pas avec ses applications, mais dont l'objet exclusif est la connaissances des assemblages d'atomes et des transformations de ces assemblages.

L'épisode que nous allons considérer est l'étude des graisses par le chimiste français Michel Eugène Chevreul (1786-1889), et, plus particulièrement, la compréhension de la constitution des composés de la classe des "triglycérides".

Ces composés ont des molécules qui, comme leur nom l'indique, contient une partie qui ressemble à la molécule de glycérol, et trois autres parties qui ressemblent à des molécules d'acides gras.

Et oui, on peut synthétiser des molécules de triglycérides à partir de molécules de glycérol et de molécules d'acides gras, mais certaines "réactions chimiques" (on devrait dire simplement "réactions") qui font cela réorganisent les atomes dans les quatre molécules de réactifs, et les liaisons qui s'établissent le font avec la perte de certains atomes, notamment d'hydrogène et d'oxygène, sous la forme de molécules d'eau. Bref, il n'y a pas de molécule de glycérol dans un triglycéride, mais seulement un "résidu de molécule de glycérol" (admettons la terminologie plus brève "résidu de glycérol") ; il n'y a pas d'acides gras, mais seulement des "résidus de molécules d'acides gras", en abrégé "résidu d'acides gras".

Arrivons à notre point d'histoire des sciences : Chevreul est celui qui, pesant précisément les réactifs et les produits de réaction, a compris que les molécules de triglycérides ne sont pas des "assemblages" au sens de juxtapositions d'objets, mais des molécules nouvelles, avec des réorganisations d'atomes, et des liaisons chimiques.

Dans toute cette affaire, la question est le mot "assemblage", et, avant de donner les définitions du dictionnaire officiel (le Trésor de la langue française informatisé), je rappelle que la communication se fonde sur le partage du sens des mots, d'une part, et que la clarté est la politesse de ceux qui s'expriment en public. Mais voici :
Assemblage : 1. Action de mettre ensemble, de réunir; résultat de cette action.
Assemblage : 2. Se dit surtout de la réunion d'objets hétéroclites produisant un tout bizarre.

Ici, on voit que le mot est donc ambigu, dans le contexte de la chimie, parce que "mettre ensemble" des molécules de glycérol et des molécules d'acides gras, ce n'est pas les faire réagir... en perdant d'ailleurs des atomes qui peuvent faire des molécules d'eau.

Et Chevreul, précisément, a bien compris la différence, et c'est lui qui nous a permis de penser justement que les triglycérides ne sont pas des "assemblages" au sens d'une seule réunion, juxtaposition (physique), mais des composés nouveaux, après formation de liaisons chimiques.

 

Pour les protéines, également

Pour les protéines, il en va de même : oui, on peut faire des molécules de protéines en faisant réagir des molécules d'acides aminés, en les enchaînant... mais on peut aussi faire bien différemment, car il y a une quasi infinité de façons possibles, même si certaines sont plus rapides, efficaces, faciles que d'autres.
D'ailleurs, dans les molécules de protéines, il n'y a pas de molécules d'acides aminés, mais seulement des "résidus d'acides aminés", et c'est faire œuvre d'utilité publique que de bien expliquer cela.

Et puis, dans la phrase que je critique, il y a "assemblage tridimensionnel". Là, j'invite mes amis à rigoler doublement :
- d'une part, lisons lentement : qu'est-ce qu'un assemblage tridimensionnel ?
- d'autre part, je signale aux jeunes amis qui me font le bonheur de venir apprendre avec moi au laboratoire (les "stagiaires", par exemple) qu'ils doivent se méfier quand on prononce devant eux des mots de plus de trois syllabes, car c'est le signe qu'on veut les tromper... où bien que ceux qui prononcent ces mots ne comprennent même pas ce qu'ils disent, et que ce qu'ils disent n'a pas de sens.

 

Bref, je déplore que le site institutionnel où j'ai trouvé l'expression discutée dans ce billet n'ait pas lu plus attentivement ce qu'il a rendu public : il y a une tache sur sa réputation. Nos amis, nos interlocuteurs, méritent mieux que cela.

On pourra lire aussi : La rigueur terminologique pour les concepts de la chimie : une base pour des choix de société rationnels, https://www.academie-agriculture.fr/publications/notes-academiques/la-rigueur-terminologique-pour-les-concepts-de-la-chimie-une-base.

 

 


Un commentaire pour “Non, les protéines ne sont pas des « assemblages tridimensionnels d’acides aminés » !”

  1. Aredius44 Répondre | Permalink

    Grâce à Hervé This je commence à comprendre la chimie. Et comme dans bien des sciences, le respect du sens des mots est essentiel. J'ai sur mes étagères le Dictionnaire de mathématiques élémentaires de Stella Baruk. Elle a bien compris.
    En informatique c'est la cata. Les termes sont passés par les gens de la com des sociétés de logiciels de Californie. Merci.

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